L'uso di bocconi avvelenati appare una delle minacce più diffuse e più gravi per la conservazione della specie in tutto l'areale europeo del capovaccaio.

Il veleno, che viene utilizzato soprattutto allo scopo di eliminare i predatori terrestri del bestiame o di specie cacciabili (lupi e volpi), colpisce in maniera pesante e non selettiva molte specie necrofaghe di uccelli e mammiferi, animali che possono cibarsi dei bocconi avvelenati sparsi sul terreno oppure delle carcasse degli animali morti avvelenati.

In Spagna, ad esempio, tra il 2005 ed il 2010 è stata accertata la morte di 69 capovaccai per l'ingestione di veleno mentre nei Balcani si verificano spesso gravi episodi di avvelenamento: nel 1993 ben 62 capovaccai morirono avvelenati in una discarica di un paese della Macedonia mentre nel 2003 altri sette capovaccai persero la vita per la stessa causa nella parte orientale dei Monti Rodopi.

Il 16 luglio 2015 è stato rinvenuto il corpo senza vita di un capovaccaio nidificante nella regione della Meteora, in Grecia, area che ospitava la più numerosa popolazione di capovaccaio di tutti i Balcani fino a quando l'uso del veleno non ha raggiunto un tale, mostruoso livello da risparmiare solo tre coppie (dieci nell'intera Grecia). Proprio una di queste coppie superstiti è stata spazzata via dall'ultimo episodio di avvelenamento, perché si può presumere che anche il partner dell'individuo rinvenuto sia andato incontro alla stessa terribile sorte.

In Spagna il capovaccaio è stato anche penalizzato dalla minor disponibilità di cibo legata al calo demografico del coniglio selvatico ed alla chiusura di molte discariche e luoghi nei quali gli allevatori erano soliti smaltire i capi di bestiame morti, chiamati muladares o vertederos.

In Italia il rapido e consistente crollo numerico del capovaccaio, avvenuto nel XX secolo, è stato determinato soprattutto dal bracconaggio che pare ancora un fattore negativo rilevante, specialmente in talune aree (ad es. in Provincia di Trapani).

Tra le altre minacce che affliggono la specie figurano il disturbo nei siti di nidificazione (curiosi, fotografi ecc.), l'uso di bocconi avvelenati e le campagne di derattizzazione effettuate nelle discariche situate lungo le rotte migratorie dei capovaccai, in particolare in Sicilia. Altri fattori negativi sono l’elettrocuzione e l'impatto contro gli impianti eolici, questi ultimi costruiti ormai ovunque lungo le rotte migratorie così come nelle vicinanze dei siti di nidificazione.